Il y a plusieurs niveaux de biodiversité :

• Les différentes espèces fruitières : plaqueminier (kaki), pommier, poirier, grenadier… En France, on compte déjà près d’une vingtaine d’espèces fruitières cultivées de longue date (plusieurs siècles) : pommier / poirier / prunier / cerisier / abricotier / cognassier / néfliers / pêcher / figuier / grenadier / oranger / châtaignier / amandier / noyer / noisetier / fraisier / framboisier / groseillier / cassissier. S’y sont ajoutées plus récemment des espèces comme l’actinidier (kiwi). Avec l’essor de la permaculture, la diversité fruitière potentielle s’étend à de nouvelles espèces : asiminier…

• Pour chaque espèce fruitière, il existe de très nombreux cultivars, plus communément appelés « variétés » (voire « sortes » pour le public non connaisseur). Ils sont issus de l’évolution d’une même espèce avec différentes communautés humaines, dans différents environnements, avec des utilisations et des goûts différents. Cette diversification est à l’origine d’une diversité extraordinaire : plusieurs centaines voire souvent plusieurs milliers de cultivars pour une espèce fruitière donnée !

• Enfin, au sein même de chaque cultivar, on peut observer une diversité très variable. Cette diversité résulte du brassage génétique intervenant lors de la pollinisation, mais aussi de l’expression différente d’un même patrimoine génétique, dans des conditions différentes. Le greffage s’étant développé pour la multiplication d’un grand nombre de cultivars fruitiers, la diversité au sein de chaque cultivar a tendance à diminuer.